Genoomika ja transkriptoomika andmed

Vaata ka: Juhendid kuidas genoomika ja transkriptoomika andmeid jagada | Teenused: genoomika ja transkriptoomika

Avalikud andmed

Andmed Euroopa COVID-19 Andmeportaalis

COVID-19 puhanguga seotud toor- ja assambleeritud SARS-CoV-2 järjestused, sealhulgas haiguspuhangu isolaadid ja koronaviiruse bioloogiaga seotud kirjed:

SARS-COV-2 viiruse toor- ja assambleeritud järjestused (> 2 830 000 järjestust seisuga Detsember 2021)
SARS-COV-2 peremeesorganismide (s..h inimese) toor- ja assambleeritud järjestused (> 19 000 järjestust seisuga Detsember 2021)

KoroGeno-EST viiruse genoomi sekveneerimine

KoroGeno-EST uuringu eesmärgiks on sekveneerida (määrata genoomi koostis) ja analüüsida Eestis nakkusi põhjustanud ja põhjustavat SARS-CoV-2 täisgenoome ning viia neile läbi molekulaar-epidemioloogiline analüüs. KoroGeno-EST uuring toimub Tartu Ülikooli, Terviseameti ja SYNLAB Eesti OÜ koostöös. Siin on ära toodud uuringu peamised tulemused SARS-CoV-2 klaadide ja muret tekitavate variantide osakaalude kohta, mida saab külastaja ajas jälgida. Selleks saab:

joonistel valida ajavahemikku, mille kohta andmed kuvatakse
valida, kas kuvatakse reisimisega seotud juhud või riigisisesed.

KoroGeno-EST uuringus raames teevad koostööd:

Rahastatakse Euroopa Liidu COVID-19 pandeemiale reageerimise raames

Kuupäev alates:

Kuupäev kuni:

Riigisisene Sissetoodud

Peamiste Nextstraini klaadide, WHO poolt kasutatavate nimetuste ja Pango liinide omavahelised vastavused ning skemaatilised evolutsioonilised seosed

Phylogenetic relationships of Nextstrain SARS-CoV-2 clades (source ). Please credit/link to Nextstrain if using this figure.

Vastavad proovide absoluutarvud on toodud iga joonise kohal
Nii nagu elus looduses organisme, nii saab ka viiruseid (sealhulgas SARS-CoV-2 variante) geneetilise sarnasuse järgi erinevatesse rühmadesse jagada. Teatud vaatenurgast on kõik sellised rühmitamised sarnased, kuigi kasutavad erinevaid arvulisi väärtusi piiride tõmbamiseks (Nextstraini klaad, Pango liin, VOC, viimane on küll defineeritud funktsionaalsete omaduse järgi). Sellist rühmitamist saab teha eri täpsusastmega. Antud juhul on kasutatud sellist täpsusastet, mis võimaldab kogu pilti veel visuaalselt hoomata – selleks on klaad. Ka on toodud sulgudes milliste VOC-de (variant of concern ehk muret tekitavad tüved) vastav klaad kuulub. VOC-dest on meil esinenud alfa, beta, gamma, delta ja nüüd omikron.

Eestis kogutud proovide sekventsidel põhinevat omavahelist sarnasust saab vaadata Nextrain auspice rakenduses
Eestis kogutud proovide sekveneerimisandmetest leitud viirustüvede analüüs Observable rakenduses

Andmeid uuendatakse kord nädalas.

/2023-03-25/