Teenused

Rahvusvahelised taristud

COVID-19 HPC Consortium

Konsortsiumisse on kaasatud arvutusvõimsust maailma kõige võimsamatest arvutiparkidest. Arvutusressurssi on võimalik taotleda kuni kuueks kuuks.

ELIXIR Arvutusresurssid

Erinevad ELIXIRi liikmesriigid on teinud kättesaadavaks laialdase arvutusressursi.

Euroopa Galaxy COVID-19 Projekt

Avalikult juurdepääsetav arvutustaristu ja töövood SARS-CoV-2 andmete analüüsimiseks erinevatest teadusvaldkondadest (genoomika, proteoomika, metaboloomika, keminformaatika …).

Partnership for Advanced Computing in Europe (PRACE)

PRACE pakub akadeemilistele ringkondadele ja erasektori teadlastele juurdepääsu maailmatasemel kõrgjõudlusega arvutusresurssile. PRACE-l on fast-track hindamisprotsess projektitaotlustele, mis nõuavad arvutusressursse, et aidata kaasa COVID-19 pandeemia mõju leevendamisele.

Eesti Teadusarvutuste Infrastruktuur (ETAIS)

ETAIS on riiklik teadustaristu, mis teeb Eesti teadlastele kättesaadavaks suuremahulised suure jõudlusega arvutiressursid, salvestusmahu ja mitmekülgse kasutajatoe.

Andmed

Teksti- ja kirjanduse andmed

Vaata kirjanduse peatükki.

Kliinilised uuringud

Clinicaltrial.gov

USA kliiniliste uuringute register.

EU Clinical Trials Register

Euroopa ametlik kliiniliste uuringute andmebaas.

Global Clinical Trial Tracker

COVID-19 ülemaailmne kliiniliste uuringute jälgimise kaart.

International Clinical Trials Registry Platform

WHO (World Health Organization) kliiniliste uuringute andmebaas. Rohkem infot: https://apps.who.int/trialsearch/.

Kliinilised andmed ja patsientide regisrid

LEOSS register

Anonüümne COVID-19 patsiendiandmete register, info on kogutud üle 200 haigla infosüsteemi.

ASH RC COVID-19 Registry

COVID-19 infektsiooniga hematoloogiliste haiguste register.

COVID-Hep.net

COVID-19 infektsiooniga maksahaiguste raporteerimise register.

ELSO registry

COVID-19 infektsiooniga ECMO patsientide register.

EUROELSO

ECMO kasutamise register COVID-19 patsientide puhul Euroopas.

Pediatric COVID-19 U.S. Registry

USA COVID-19 lastehaiguste register.

PSOProtect

Psoriaasi ravi, teraapia ja epidemioloogia register COVID-19 haiguse puhul.

SECURE-Cirrhosis

Maksahaiguse raporteerimise register COVID-19 haiguse puhul.

SECURE-IBD

Põletikulise soolehaiguse raporteerimise register COVID-19 haiguse puhul.

SECURE-SCD

Sirprakulise aneemia register COVID-19 haiguse puhul.

The COVID-19 Global Rheumatology Alliance Global Registry

Andmed COVID-19 haiguse kohta reumatoloogia registrist.

VIRUS COVID-19 Registry

COVID-19 haiguse andmed praeguste ICU ja haiglaravi vajavate patsientide kohta.

Epidemioloogia ja mobiilsuse andmed

Apple Mobility Trends

Apple kaardirakenduse mobiilsuse andmed seoses COVID-19 haiguse levikuga maailmas.

COVID-19 Global Forecasting Kaggle Competition

Treenimise ja testimise andmed, mida kasutatakse iga nädalaselt COVID-19 juhtumite ja surmajuhtumite ennustamise võistluses.

European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC)

Ülemaailmsed rapordid COVID-19 juhtumitest.

GISAID/Nexstrain genomic epidemiology

SARS-CoV-2 genütüüpide evolutsioon ja ülemaailmne jaotuvus.

Google Mobility Reports

Google kaardirakenduse mobiilsuse andmed seoses COVID-19 haiguse levikuga maailmas.

Institute for Health Metrics and Evaluation (IHME) - COVID19 Projections

Juhtumite, testide, surmade ja vaja minevate haigla ressursside ennustused.

Johns Hopkins COVID-19 Dashboard

COVID-19 arvud maailmas. Lisainformatsioon: https://systems.jhu.edu/research/public-health/ncov/.

Our World in Data

Ülemaailmne COVID-19 haiguse statistika.

UNCOVER COVID-19 Challenge

See andmekogu sisaldab üle 200 avalikult kättesaadava COVID-19 andmekogumi allikatest nagu Johns Hopkins, WHO, Maailmapank, New York Times ja paljud teised. See sisaldab andmeid mitmesuguste potentsiaalselt võimastest statistikutest ja näitajatest, nagu kohalikud ja riiklikud nakkuste määrad, ülemaailmne sotsiaalne distanseerumise poliitika, geospaatilised andmed inimeste liikumise kohta ja muud. Andmed pärinevad Roche Data Science Coalitioni (RDSC) korraldatud Kaggle-i võistlusest, mis hõlmab mitmeid ülesandeid, mis on välja töötanud ja hinnanud ülemaailmsed tervishoiuteenuse osutajate, haiglate, tarnijate ja poliitikakujundajate poolt.

Struktuursed andmed

Deepmind structure predictions

COVID-19 valgustruktuuride ennustamised.

Xchem fragment screen data

SARS-CoV-2 peaproteaasi (MPro, PDB ID: 6YB7) analüüsi tulemused analüüsist suure kristallograafia fragmendi ekraaniga.

Tööriistad ja teised ressursid

Tehisintellekti (AI) mudelid

COVID_BERT_base model

BERT mudel, mis on treenitud spetsiifiliselt COVID-19 seotud teksti töötlemiseks.

Teised COVID-19 tööriistad

COVID-19 Cell Atlas

COVID-19 haigusega seotud rakuekspressiooni andmete andmebaas.

COVID-19 Disease Map

COVID-19 haiguse kaart. Molekulaarsete interaktsioonide diagrammide kogum, mis keskendub SARS-CoV-2 peremees-patogeen spetsiifilisele interaktsioonidele.

Üldised tööriistad

BIAFlows

BBioloogiliste piltide analüüsimise töövoogude võrdlemise platvorm.

Bioimage Informatics Search Engine (BISE)

Tööriistade, koolitusmaterjalide ja bioloogiste piltide analüüsi andmete otsingumootor.

ImJoy

Hübriidarvuti platvorm sügavõppe rakenduste jaoks, näiteks sobib täiustatud pildianalüüsi tööriistade jaoks.

scispaCy

Python-i pakett meditsiiniliste tekstide analüüsimiseks.

spaCy

Loomuliku keele töötluse raamatukogi, mis kasutab sügavõppe mudeleid teksti analüüsimiseks.

Diskussioonid, korraldatud õpitoad ja eriala ekspertide suhtlusvõrgustikud

Crowdfight COVID-19

Platvorm, kus COVID-19 uurijad saavad kontakteeruda erinevate valdkondade vabatahtlikega.

Data against COVID-19 forum

Foorum, kus kliinikumide töötajad, viroloogid ja immunoloogid saavad vestelda masinõppe spetsialistide, bioinformaatikute, epidemioloogide ja statistikutega koostöö arendamiseks või probleemide lahendamiseks.

ELLIS against COVID-19 online workshops

See seeria Interneti vahendusel peetud töötoad tutvustavad projekte, kuidas lahendada COVID-19 probleeme, kasutades masinaõppe ja tehisintellekti meetodeid, mida viivad edasi juhtivad rahvusvahelised teadlased. Uurimisteemadeks on haiguspuhangu prognoos, epidemioloogiline modelleerimine, ravimite arendamine, viiruse ja peremeesorganismi genoomi sekveneerimine ja tervishoiu juhtimine. Koosolekutel saab osaleda online või vaadata salvestusi.

Image.sc Forum

Foorum keskendub teadusliku pildistamise tarkvarale, eriti (aga mitte ainult) teaduslike piltide analüüsi, töötlemise, omandamise, ladustamise ja juhtimise valdkonnas. See on peamine bioloogiliste piltide kogukonna vestlus foorum.

NEUBIAS

NEUBIAS on Euroopa biopildi analüütikute võrgustik, mille eesmärk on tugevdada silda loodusteaduste, infotehnoloogia ja digitaalse pilditöötluse vahel. See pakub ka mitmeid koolitusi, sealhulgas online töötubasid ja YouTube kanali õpetusi.